با وجود گذشت چند سال از انتشار گزارش تفریغ بودجه سال 83 که آخرین سال عملکرد دولت اصلاحات بود، هنوز مسئله واریز نشدن 6 میلیارد از درآمد نفتی کشور به خزانه در این سال مشخص نشده است. گزارش تفریغ بودجه سال 83 به عنوان آخرین سال عملکرد دولت اصلاحات که با تأخیر چندین ماهه اواخر سال 85 در صحن علنی مجلس هفتم قرائت شد، تصریح داشت که شرکت ملی نفت به سبب عدم واریز 6میلیارد دلار از درآمدهای نفتی به حساب خزانه تخلف کرده است. براساس گزارش تفریغ بودجه 83، تنها 28 میلیارد دلار از درآمد 34 میلیارد دلاری نفت خام در سال 83 به حساب خزانه واریز شده و شرکت ملی نفت 6 میلیارد دلار مابقی را نزد خود نگه داشته بود.
با وجود گذشت چند سال از اعلام عمومی گزارش تفریغ بودجه سال 83 و تصریح دیوان محاسبات بر عدم واریز 6میلیارد دلار از درآمد نفتی به خزانه کشور از سوی دولت خاتمی، همچنان این مسئله بلاتکلیف باقی مانده و دیوان محاسبات مشخص نکرده است که سرنوشت این رقم چه شده است. گفتنی است اولین اشکالی که دیوان محاسبات در گزارش تفریغ بودجه سال 83 در حوزه نفت مطرح کرده بود، مربوط به فقدان اساسنامه در شرکت نفت بود و صراحتاً آمده بود که شرکت ملی نفت به رغم تذکرات و تأکیدات چندباره در مهلت های مقرر اقدام مؤثری در جهت تهیه و تنظیم و نهایتاً تصویب آن به عمل نیاورده است. در بخش دیگری از این گزارش درخصوص تخلف شرکت نفت ذکر شده بود: عواید حاصل از صدور و فروش نفت خام طی سال 83 به میزان 5/1 میلیارد بشکه که به ارزش متوسط هر بشکه 82/35 دلار به صورت ارزی و ریالی به صورت «نقد»، «بیع متقابل»، «سوآپ» و «معاوضه» در داخل و خارج از کشور معامله شده به حساب خزانه داری کل کشور واریز ننموده است. بدین معنا که مبالغ ارزی در حسابهای کارگزاری های بانک مرکزی ایران در خارج از کشور متمرکز شده و تمامی وجوه حاصل از فروش ریالی نفت در داخل نیز به عنوان درآمد شرکت ملی نفت ایران (نه دولت) تلقی شده است که کلاً ناقض اصل (53) قانون اساسی و مغایر تبصره (38) قانون بودجه و تخلف از ماده (11) قانون محاسبات عمومی می باشد. در ادامه این گزارش دیوان محاسبات به عدم واریز 6 میلیارد دلار از مجموع کل عواید حاصل از فروش نفت خام در حساب خزانه اشاره کرده و تصریح داشت: تراز فیزیکی نفت خام در سال 1383 حاکی از کسر و نقصان 642/3 میلیون بشکه به ارزش بیش از 130 میلیون دلار حاصل از فروش و صادرات 886 میلیون بشکه نفت به صورت نقد، بیع متقابل و معاوضه در خارج و فروش 522 میلیون بشکه نفت در داخل و 23 میلیون بشکه به صورت سوآپ می باشد که صددرصد وجوه ریالی به مبلغ 140 هزار میلیارد ریال و حدود 6 میلیارد دلار از مجموع کل عواید حاصل از فروش نفت خام در حساب خزانه متمرکز نگردید و به حساب درآمد عمومی منظور نشده است. همچنین لازم به ذکر است در تخلفی دیگر از سوی دولت خاتمی، بر اساس نامه مورخه 12/11/84 اعضای محترم هیأت عمومی دیوان محاسبات کشور به شماره 287/100/2 به رئیس مجلس، فاش شده است که در طول برنامه سوم حداقل 48 هزار میلیارد ریال از وجوه مربوط به فروش نفت در داخل و بیش از 3 میلیارد دلار فروش نفت به صورت بیع متقابل به خزانه‌داری کل واریز نشده و به عنوان منابع داخلی شرکت ملی نفت تلقی شده است. گفتنی است تخلفات میلیاردی در دولت قبل، در برداشت غیرقانونی از حساب ذخیره ارزی نیز نمود یافته است. در همین ارتباط رئیس سازمان بازرسی کل کشور دی‌ماه سال گذشته در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر، از برداشت غیرقانونی از حساب ذخیره ارزی در دولت اصلاحات خبر داد. در آمار و ارقام گزارش‌های سازمان بازرسی کل کشور، تصریح شده که در زمان ریاست جمهوری خاتمی چندین میلیارد دلار بدون اجازه مجلس از حساب ذخیره ارزی برداشت شده است.